ML n'a aucune raison de faire le ménage dans iTunes.
Si tes musiques sont dans plusieurs dossiers différents, il y a une option dans iTunes pour rassembler tout ça:
Fichier / Bibliothèque/organiser la bibliothèque et là tu choisis Consolider, ce qui va ramener dans le dossier iTunes Music tous les fichiers éparpillés (en recopiant les fichiers... il faudra ensuite supprimer les fichiers originaux pour éviter de les avoir en double sur le disque dur)
