Avant de s'inquiéter, il faut commencer par vérifier que les éléments sont (ou non) dans la sauvegarde.
S'ils n'y sont pas, c'est effectivement embêtant.
Ce que je ferais, dans ce cas, c'est recommencer une indexation toute neuve par Spotlight du disque à sauvegarder. Puis une relance de
TM. Si ce n'est pas mieux, alors je recréerais
ex nihilo une nouvelle sauvegarde
TM.